小林聖心女子学院の卒業生の出口戦略は、単一の内部進学にとどまらない極めて多彩な広がりを持っています。同校は世界30カ国以上に広がる聖心ネットワークの一角を成しており、東京・白金にキャンパスを置く聖心女子大学への内部推薦制度（カトリック学校対象枠や指定校基準）が整備されています。
一方で、関西在住の家庭からは「関西圏の有力大学へ進学させたい」というニーズが強く、近年の進学実績と大学合格状況では外部受験および指定校推薦の活用が主流を占めています。
- 国公立大学への現役進学：京都大学、大阪大学、神戸大学をはじめとする難関国公立大学へ毎年現役合格者を輩出。少人数教育を活かした個別添削指導が機能しています。
- 関関同立への指定校推薦と一般選抜：関西学院大学、同志社大学、立命館大学、関西大学への豊富な指定校推薦枠を保有。特にキリスト教主義教育の親和性が高い関西学院大学や同志社大学への進学者が目立ちます。
- 医学部・薬学部・医療系への進出：医師家庭が多い背景もあり、国公立・私立の医学部医学科や薬学部、看護学部への進路を選択する生徒が学年の約15〜20%を占めています。
- 海外大学への直接進学：世界中に広がる姉妹校ネットワークとユネスコスクールとしての国際協定を活かし、欧米やアジアの名門大学へ進学する道も開かれています。
内部推薦のセーフティネットを持ちながら、生徒一人ひとりの適性に合わせた進路指導が行われている点が、保護者から小林聖心女子学院の評判が高い大きな要因となっています。
