結局のところ、自分はどちらを選ぶべきなのか。判断に迷った際は、以下の基準をベースに整理すると分かりやすい。
総合課税を選ぶべきケース：
・課税所得金額が695万円以下で、上場株式の配当控除による所得税の還付メリットを最大化したい場合。
・給与所得以外の雑所得（暗号資産など）や事業所得、不動産所得で赤字が生じ、損益通算を行いたい場合（※税法上の要件を満たす場合に限る）。
分離課税を選ぶべきケース：
・本業の給与や事業収入が高く、累進課税の適用を受けると税率が20％を超えてしまう場合。
・株式譲渡損失と配当所得を相殺（損益通算）し、過去3年間の繰越控除を適用したい場合。
・国民健康保険料などの算定基準となる合計所得金額への影響を遮断するため、あえて源泉徴収（源泉分離課税・特定口座）のまま確定申告をしない選択を取る場合。
複雑に見える税制度だが、本質は自身の所得構造に応じた「手取りの最大化」にある。税理士などの専門家のアドバイスも視野に入れつつ、自分にとって最も無駄のない課税方式を賢く選択してほしい。 （出典: 総合 課税 と 分離 課税 の 違い（Yahoo!ニュース））
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