ピザ窯の設計図を引く際、最も悩むのが「二層式（ダブルデッキ構造）」にするか「一層式（ドーム型）」にするかという構造の選択です。両者には明確な機能差が存在します。
一層式ドーム型は、窯の内部で薪を燃やし、熱がドーム天井を回って蓄熱された後、同じ炉内にピザを投入して焼く伝統的なスタイルです。輻射熱が強烈でナポリピザ特有のコルニチョーネ（縁のふくらみ）が美しく仕上がる反面、温度調整に熟練が必要で、ピザを焼くスペースを確保するために薪を端に寄せる手間が発生します。
対して二層式ピザ窯は、下段を「燃焼室」、上段を「焼き床」として完全に分離した構造です。下段からの熱気が奥のスリットを通じて上段へ流れ込み、天井を伝って手前または奥の煙突から抜けていきます。この構造のメリットは、ピザに灰が付着する心配がなく、連続して何枚も焼き続けられる点にあります。
設計図の寸法目安として、標準的な焼き床は幅50cm×奥行き60cm、ドームや天井の高さは30cm〜35cmが黄金比とされています。天井が高すぎると上からの輻射熱がピザに届かず、低すぎると薪の投入やピザピールの取り回しが困難になります。また、住宅地での使用においては煙突の設置が不可欠です。内径100mm〜120mm、高さ60cm以上の煙突を配置することで上昇気流（ドラフト）が生まれ、不完全燃焼による白煙の発生を最小限に抑えられます。
