患者が「どっちを選ぶべきか」を判断する際、最も重要な軸となるのが診断されたがんの種類と病期（ステージ）です。
がん研有明病院：消化器がん・乳がんで見せる圧倒的執刀数と機能温存
がん研有明病院の最大の強みは、患者数の多い主要がんにおける「手術の精緻さ」と「術後の機能温存・QOLの維持」にあります。胃がん、大腸がん、肝胆膵がん、食道がんなどの消化器領域において、ロボット支援手術（ダビンチ等）や腹腔鏡手術の導入率が極めて高く、年間を通じた執刀件数は国内ランキングでも常に最前線に位置しています。
また、乳がん領域では年間1,000件を超える乳腺手術実績を持ち、形成外科との綿密な連携による乳房再建手術の体制が確立されています。外科医、腫瘍内科医、放射線治療医、病理医、専門看護師が一堂に会する「キャンサーボード」が日常的に機能しており、標準治療をいかに安全かつ迅速に提供するかのシステム化が極めて高度です。
国立がん研究センター：希少がん・ゲノム医療と東病院の粒子線治療
一方、国立がん研究センター中央病院（東京・築地）は、全国から集まる「希少がん（軟部肉腫、悪性黒色腫、頭頸部がん、胚細胞腫瘍など）」の診療拠点として日本を牽引しています。症例数が少なく一般の病院では治療方針の決定が困難な症例に対し、日本最多の臨床データベースと専門チームが対応します。
さらに、国立がん研究センター東病院（千葉・柏）は、次世代の低侵襲がん治療である陽子線治療システムを早期から導入し、頭頸部がんや切除不能な局所進行がんに対する先進医療を推進しています。最先端のがん遺伝子パネル検査を用いた「がんゲノム医療中核拠点病院」としても機能し、国内未承認薬をいち早く使用するための国際共同治験へのゲートウェイとなっています。
