駅が物理的に離れているものの、秋津駅と新秋津駅は正式な連絡運輸駅として指定されています。そのため、西武鉄道とJR東日本の区間を1枚にまとめた「連絡定期券」（SuicaまたはPASMO）の発行が可能です。
購入時の注意点として、定期券券面には両駅の経由が明記され、改札を出場しても乗り換え指定時間内であれば定期券区間として問題なく通過できます。モバイルSuicaやモバイルPASMOでもシームレスに設定可能です。
朝夕のラッシュ時におけるJR新秋津駅は、武蔵野線特有の運行間隔（日中約10分間隔、朝ピーク時約5分〜7分間隔）も相まって、電車到着直後に改札やホームへの階段が一時的に激しく混雑します。西武線からの乗り換え客が一斉に押し寄せるため、列車到着直後の混雑の波を少しずらして歩くことが快適な移動のコツです。
