干し柿作りは「干したら放置」ではありません。プロの生産者が必ず行う最も繊細な工程が「手揉み」です。柿を揉む目的は、中心部と外側の水分ムラをなくし、果肉の繊維をほぐしてタンニン（渋味成分）の水溶性から不溶性への変化を早め、とろけるような均一な食感を生み出すことにあります。
決して干してすぐに触ってはいけません。干し柿揉み方のタイミングの第1段階は、干し始めてから約7日〜10日後です。表面にしっかりとした弾力のある皮が張り、指先で軽く触れても破れない状態になったら、清潔な手（食品用アルコールで消毒済み）または使い捨て手袋を装着し、親指と人差し指の腹で外側から「軽くキュッ、キュッ」と押すように揉みます。この段階では内部の芯を無理に潰そうとせず、表面の皮を柔らかくほぐす程度に留めます。
さらにそこから5日〜7日経過した第2段階では、内部がかなり柔らかくなっています。今度は果実の中心にある硬い芯を指の腹で挟んで優しくほぐすように、全体をまんべんなくマッサージします。力を入れすぎると皮が破れて中から甘い果汁が漏れ出し、そこから腐敗やカビを呼ぶ原因になるため、赤ちゃんの肌を撫でるような力加減が鉄則です。
干し柿完成までの期間と目安は、好みの食感によって明確に異なります。中がジュレのようにとろける「あんぽ柿（半生）風」を目指すなら、干し始めから約14日〜20日、果実の重量が元の50%程度に減ったタイミングが最高の食べ頃です。一方、全体がもっちりと締まった伝統的な「ころ柿（枯露柿）」に仕上げるなら、約30日〜40日じっくりと寒風に晒し、重量が元の30〜35%程度になるまで乾燥を進めます。
