現行犯逮捕されたのは、奈良市に住む無職の山上徹也（事件当時41歳）でした。取り調べの当初から供述していた犯行動機は、政治信条や思想信条によるテロリズムではなく、「特定の宗教団体に対する私的な恨み」でした。
山上被告が標的として名指ししたのは、旧統一教会でした。しかし、教団のトップである韓鶴子総裁への接触が困難を極める中、ターゲットとして浮上したのが安倍元首相でした。2026年9月、旧統一教会の友好団体「天宙平和連合（UPF）」の集会に寄せられた安倍元首相のビデオメッセージを動画サイトで目撃した被告は、「元首相が教団を日本国内で容認・拡散させている黒幕」と一方的に思い込み、暗殺の決意を固めていきました。
