JR高崎線の遅延理由を語る上で避けて通れないのが、2001年の湘南新宿ライン乗り入れ開始と、2015年の上野東京ライン開業に伴うメガネットワーク化です。かつて上野駅を終起点としていた高崎線は、東海道線（熱海・沼津・小田原方面）や横須賀線との直通運転を開始したことで、利便性と引き換えに「外部リスクを極めて受けやすい体質」へと変貌しました。
鉄道運行の現場取材や専門家の分析によると、高崎線単独の設備故障や人身事故だけでなく、数百キロ離れた神奈川県内や静岡県境での踏切安全確認、東海道線内での異音感知、さらには強風や大雨といった自然災害の影響までもが、瞬く間に高崎線内へフィードバックされる仕組みになっています。
特に平日の朝夕ラッシュ時は、数分間隔で過密に運行されるダイヤ設定のため、1本の列車が駅停車時間をわずか30秒超過しただけで、後続の列車群にブレーキがかかります。ネット上でも「静岡の遅れが高崎線に直撃した」「もはやどこが原因かわからない」といった投稿が日常的に見受けられるのは、この長大な一本道構造が原因です。
