病気やケガの原因がどこにあるのかという点も、支給可否を分ける決定的な分岐点です。ここで重要になるのが、労災保険休業補償との違いと重複の整理です。業務上の事由や通勤途中の事故による負傷・疾病は労働者災害補償保険（労災保険）の管轄であり、プライベートでの私傷病が健康保険の傷病手当金の対象となります。両者を二重で受給することは法律上固く禁じられています。
職場のパワハラや過重労働によるうつ病を「早くお金が欲しいから」と傷病手当金で申請した場合、会社の証明欄に「業務起因の可能性あり」と記載されると、協会けんぽ側で審査がストップします。労災の認定が下りるまで給付が保留されたり、一度受け取った手当金を労災休業補償の決定後に返還して清算する煩雑な手続きを強いられたりします。
また、長期休業によって障害年金を申請する段階に入った際にも注意を要します。障害厚生年金と傷病手当金の併給においては、公的給付の重複調整（健康保険法第108条）が働き、原則として年金給付が優先されます。傷病手当金の日額が障害年金の日額を上回っている場合に限り、その差額分だけが支給されます。年金が遡及して受給決定された場合、すでに受け取っていた傷病手当金との重複期間分は、後から現金で全額返納しなければなりません。
