ネット上の言説において散見される最大の誤解が、「資金力と県外からの越境入学生を集める私立強豪校が長崎の枠を独占している」というステレオタイプな批判です。しかし、実際の現場データはこの見方を明確に否定しています。
第一に、大崎高校が西海市の離島・大島から甲子園出場を果たした事例が証明するように、公立高校であっても適切な指導メソッドと地域ぐるみの環境整備が整えば、全国区の私立を打ち破ることは十分に可能です。大崎の快進撃以降、県内の公立校におけるフィジカルトレーニングや食事管理への意識は劇的に向上しました。
第二に、海星や創成館といった私立校の部員構成を見ても、主力選手の多くは長崎県内の軟式野球部や地元ボーイズ・シニアリーグ出身者で占められています。県外からの特待生だけでチームを固める時代はとっくに終焉を迎え、地元で育った有望中学生をいかに高い指導力で伸ばすかが各校の主眼となっています。
第三に、高校野球長崎大会トーナメント表のドロー運による「有利不利」に関する誤解です。「強豪ブロックに入ったら終わり」という声もありますが、現代の長崎大会ではノーシードの実力校がシード校を撃破する「ジャイアントキリング」が毎年のように発生します。第1シードであっても初戦から極度の重圧に晒されるため、トーナメントの位置取りだけで勝敗を予断することは不可能です。