萩・石見空港の基幹路線である東京線は、全日本空輸（ANA）による羽田便が1日2往復の体制で運航されています。午前便と夕方便のダイヤ設定により、首都圏からの日帰り出張や1泊2日の週末観光でも滞在時間を最大限に確保できるスケジュールが組まれています。
最新の時刻表に基づくと、午前便は羽田を朝に出発して午前中に石見へ到着、夕方便は夕刻に石見を出発して夜に羽田へ戻るルートが確立されており、山陰エリアと都心部を片道約90分で結びます。新幹線と特急を乗り継ぐ陸路ルートが5時間以上を要することを考慮すると、移動効率の圧倒的なアドバンテージは揺るぎません。
天候不良や視界不良に伴う運航状況の確認についても、ANAの公式運航情報サービスや空港公式サイトでリアルタイムに配信されています。冬場の降雪や季節風による影響を受ける日があるものの、近年の計器着陸装置（ILS）の運用や運航管理技術の向上により、年間を通じた就航率は極めて安定した水準を維持しています。
