同種とはいえ、一目で見分けがつくほど外見や身体構造が異なっているのはなぜでしょうか。その背後には、長年の人為的選択がもたらしたDNAレベルの変異と、過酷な自然淘汰から解放されたことによる形態的変化が存在します。
まず注目すべきは染色体数の構造です。一般に、家畜豚の染色体数は2n＝38本です。一方のイノシシは地域によって変異があり、西ヨーロッパの野生イノシシには染色体の融合（ロバートソン型転座）によって2n＝36本の個体群が存在します。しかし、日本列島を含む東アジア全域に生息するニホンイノシシやリュウキュウイノシシの染色体数は豚と全く同じ「2n＝38本」です。この染色体の一致こそが、両者が容易に交雑できる生物学的な裏付けとなっています。
外見と骨格における最大の違いは、頭蓋骨の傾斜と牙、そして胴体の長さに現れます。
野生のイノシシは、地中の根茎や小動物を掘り起こすために強靭な首の筋肉と長く直線的な鼻（吻）、そして自己防衛やオス同士の闘争に特化した鋭利な牙を持っています。頭骨を側面から見ると、額から鼻先にかけて一直線に近い傾斜を描いています。対照的に、人間に飼育されて外敵から身を守る必要がなくなり、配合飼料を与えられて育った豚は、咀嚼筋や頭骨を頑強に保つ淘汰圧が消失しました。結果として豚の鼻先は短くなり、額のあたりがくぼんだ「皿顔」へと変化し、牙の発達も抑制されています。
さらに食肉としての歩留まりを高めるため、豚は胸椎や腰椎の数が人為的に増やされています。野生のイノシシの胸椎が通常14個前後であるのに対し、肉用豚（ランドレース種や大ヨークシャー種など）は15〜16個に達し、胴長で丸みを帯びた体型へと再構築されたのです。
幼少期に見られる特徴的な「縞模様」の違いも見逃せません。イノシシの幼獣（うり坊）の背中には、木漏れ日の落ちる茂みに身を隠すための保護色として明瞭な黄褐色の縞模様が走ります。この縞模様は生後4〜5か月ほどで徐々に薄れ、成獣特有の剛毛へと生え変わります。豚の祖先も元々は同様の保護色を持っていましたが、飼育下での保護によってカモフラージュの必要がなくなり、メラノコルチン1受容体（MC1R）遺伝子などの変異が固定化されたことで、多くの豚で幼少期の縞模様が消失しました。
