新潟県内外を問わず同校の代名詞となっているのが、全国屈指の強豪として知られる日本文理高校野球部です。2009年夏の全国高校野球選手権大会（甲子園）決勝戦、中京大中京を相手に9回裏2アウト走者なしから見せた怒涛の追い上げは、「日本文理の夏は終わらない」という名フレーズとともに高校野球の歴史に深く刻まれています。
名将・大井道夫前監督が築き上げた泥臭く粘り強い野球の魂は、教え子でもある鈴木崇監督へと確実に継承されました。鈴木監督体制のもとでは、従来の猛練習による精神力強化に加え、バイオメカニクスやデータ分析を導入した科学的トレーニング、選手のコンディション管理が積極的に取り入れられ、激戦の新潟県予選を勝ち抜く強固な組織作りが進められています。
その卓越した育成力は、日本文理高校出身プロ野球選手の顔ぶれからも証明されています。古くは本間忠氏（元ヤクルト）から始まり、吉田洸二氏、横山龍之介氏（元阪神）、高橋洸氏（元巨人）、飯塚悟史氏（元DeNA）、渡邊雄大氏（元ソフトバンク・阪神）、鈴木裕太氏（元ヤクルト）、そして千葉ロッテマリーンズで注目を集める剛腕・田中晴也選手に至るまで、数多くのトップアスリートをNPBの世界へと送り出してきました。
夏の新潟大会や秋の北信越大会をはじめ、新潟の高校野球ニュースにおいて日本文理の名が途切れることはありません。専用の野球場や雨天練習場といった充実したハードウェア環境と、プロスカウトが常に熱視線を送る指導環境は、全国から甲子園とプロ入りを本気で目指す球児が集まる大きな要因となっています。
