通勤定期に比べて大幅な割引率が設定されている「通学定期券」には、不正利用を防ぐための厳格な確認規定が存在します。この規定を正しく理解していないと、新学期の登校初日に定期券が買えないという事態に陥ります。
通学定期券の更新時期も原則として「14日前から」ですが、同一年度内（例：5月から秋にかけての更新）であれば、証明書の再提出なしで自動券売機から継続購入が可能です。しかし、「4月をまたいで学年が進級する場合」および「卒業・進学に伴う新規購入」ではルールが一変します。
学校側から発行される「通学証明書」や「通学定期券購入兼用学生証」には有効期限が定められており、新年度の定期券を購入する際には、新学年の在籍を証明する書類の確認が鉄道各社で義務付けられています。カード型定期券の場合は駅の定期券窓口に並んで書類を提示しなければならず、3月下旬から4月上旬のみどりの窓口や定期券売り場では、毎年1時間から2時間以上の大行列が発生します。
また、モバイルSuicaやモバイルPASMOで通学定期券を更新する場合、アプリ上で学生証の写真をアップロードして事前申請を行う必要があります。JR東日本などの公式アナウンスによると、新年度の通学定期申請はオペレーターによる目視確認を挟むため、「申請から承認まで数日〜1週間程度かかる場合がある」とされています。4月1日の利用開始に合わせるためには、遅くとも3月20日前後までには書類の準備とアプリ申請を済ませておくのが鉄則です。
