那覇メインプレイスを利用する上で、避けて通れない最大の課題が駐車場の混雑です。敷地内には約2,500台収容可能な大型無料駐車場が完備されていますが、新都心エリアの幹線道路に囲まれているため、時間帯によっては周辺道路を含めた大渋滞が発生します。
特に混雑がピークに達するのは、「土日祝日の14:00〜17:00」および「雨天時の全時間帯」です。沖縄では雨が降ると屋外レジャーが難しくなるため、県民が一斉に屋内大型施設へ向かう傾向があります。また、夕方の帰宅ラッシュ(17:30〜19:00)には、新都心交差点周辺の合流渋滞とモールの出庫車両が重なり、駐車場から出るだけで30分以上を要するケースも珍しくありません。
那覇メインプレイスの駐車場混雑を回避する裏技として、地元ドライバーの間で徹底されているのが「東側(新都心公園側)ルートからのアプローチ」と「立体駐車場上層階(4階・屋上)への直行」です。正面の国道58号線側や駅前大通りからのメインゲートは右折入庫待ちで滞留しやすいため、裏手の公園側道路から左折で進入し、地下駐車場を避けて一気に上層階へ上がることで、駐車スペースの確保と帰りのスムーズな合流が可能になります。