東京地検特捜部が本格的な強制捜査に乗り出した当時、関係事務所から押収された記録媒体の状態は極めて異常だった。ドリルによって物理的に破壊されたハードディスクは、データの復元を不可能にするための露骨な措置と受け取られ、社会的な批判は頂点に達した。事務所側は「パソコンの廃棄手続の一環であり、意図的な証拠隠滅ではない」と釈明を繰り返したが、世論の怒りを鎮めるには至らなかった。
結果として、小渕優子氏本人は立件を免れたものの、元秘書ら関係者が有罪判決を受ける事態となった。法的な責任追及の構図としては一応の決着を見せたが、本人がどこまで不透明な処理を把握していたのかという倫理的責任についての議論は、未だ収束していない。政治資金問題における「秘書への責任転嫁」という批判の典型例として、今なお語り継がれている。
