視聴者の間でたびたび議論を呼んだのが「ジーンちゃんの中の人（操演者）」の存在です。スタジオに登場する巨大な着ぐるみタイプと、海外の街並みを軽快に散策する小型のパペットタイプが存在し、撮影シーンに応じて高度な使い分けがなされていました。
特に海外ロケ企画「ジーンちゃんへの世界の旅」では、世界数十カ国以上の観光地、世界遺産、現地マーケット、さらには地元住民の家庭の中にまでジーンちゃんが飛び込みました。一見するとジーンちゃんが自律して歩いているかのような自然なアングルは、専門の操演スタッフによる細やかなハンドパペット操作と、現場クルーによる徹底したカメラワークの賜物です。
ロケ現場では、現地の子どもたちや街の人々が「本物の生き物」として笑顔でジーンちゃんに語りかける姿が日常茶飯事でした。単なるCG合成だけでは生み出せない、物理的な存在感と温かみが番組の看板クオリティを支えていたのです。
