医学部受験戦線において、自治医科大学偏差値は大手予備校（河合塾や駿台）のデータで偏差値67.5〜70.0前後と評価され、旧帝国大学や難関国公立大学医学部に匹敵する高水準に位置しています。
入試システムの最大の特徴は、都道府県ごとに定員（各県2〜3名程度）が割り振られている点です。自治医大地域枠選抜の条件として、出願者は出身地や高校所在地の都道府県枠から受験することになります。自治医大入試難易度と倍率は極めて厳しく、第1次試験（学力試験・面接）は各都道府県庁主導で実施され、倍率が10倍から時には20倍を超える激戦区も珍しくありません。第1次試験合格者のみが栃木県の本部で行われる第2次試験（小論文・面接）へ進みます。
また、看護学部についても注目が集まっています。自治医大看護学部偏差値は52.5〜55.0前後と安定した難易度を保っており、附属病院と直結した高度臨床実習環境や、高い就職決定率・国家試験合格実績から、確固たる人気を確立しています。
