インジェクション加工肉を扱う上で最も警戒すべき要素が食中毒リスクです。新鮮な天然の一枚肉であれば、腸管出血性大腸菌（O157など）やサルモネラ属菌、カンピロバクターといった病原菌は肉の表面にのみ付着しており、内部組織は無菌状態が保たれています。そのため、表面を強火でしっかり焼き固めれば、中心部がレア（生焼け）であっても安全に食べることができます。
しかし、インジェクション加工肉は無数の注射針が肉の表面を突き破り、深部まで貫通します。この物理的な穿刺（せんし）工程により、表面に付着していた細菌が肉の中心部にまで押し込まれる構造的リスクを抱えています。加熱が不十分なままレアやミディアムレアで口にすると、重篤な食中毒を引き起こす危険性が極めて高くなります。
厚生労働省のガイドラインでは、加工肉調理における加熱基準として「肉の中心温度を75℃以上で1分間以上加熱すること（またはこれと同等以上の殺菌効果を有する方法）」を厳格に定めています。家庭で調理する場合は、竹串を中心部に刺して透明な澄んだ肉汁が出てくるかを確認し、赤みやピンク色の生肉部分が完全に消えるまでしっかりと火を通す姿勢が不可欠です。
