生物学的に同じ十脚目ケセンガニ科に属する両者ですが、生態環境と外見にははっきりとした違いが存在します。最も分かりやすい判別基準は、「加熱する前の色」と「甲羅裏側の腹部の突起」です。
本ズワイガニ（標準和名：ズワイガニ）は、水深200〜400メートル前後の大陸棚に生息しています。生きている状態では背側が黄褐色から灰褐色、腹側は白がかったクリーム色をしており、加熱調理することで初めて鮮やかな赤色に変化します。
対する紅ズワイガニは、水深800〜2500メートルという極めて水圧が高く冷たい深海に生息しています。最大の特徴は、「生きている時から全身が鮮やかな紅色をしている」点です。茹でる前であっても甲羅全体やお腹側までしっかりと赤みを帯びているため、店頭に並ぶ未加熱の状態であれば一目で見分けることが可能です。
茹で上がった後で見分ける際は、甲羅の側面の縁や腹部の凹凸を確認します。本ズワイガニの甲羅側面には二条の顆粒列（小さな粒状の突起）が平行に走っていますが、紅ズワイガニは斜めに交差するように一本に合流する形状をしています。また、甲羅の硬さも異なり、深海育ちの紅ズワイガニは水圧を逃すために殻が薄く柔らかい手触りを持っています。
