江東区の通学区域規則に基づき、深川第七中学校の指定通学区域は主に以下の地域で構成されています。
主な学区は毛利1〜2丁目、住吉1〜2丁目、猿江1〜2丁目、扇橋1〜3丁目の一部となっており、近隣の東川小学校や毛利小学校、扇橋小学校などを卒業した児童が中心となって進学してきます。
江東区では「学校選択制度」が運用されていますが、深川第七中学校はそのアクセスの良さと程よい規模感、手厚い生徒対応から、指定学区内の生徒はもちろん、近隣学区からの希望者も安定して集まる傾向が続いています。小学校時代からの顔なじみが多く、入学直後から自然と打ち解けやすいコミュニティが形成されている点も特徴です。