御朱印は神仏の御霊や功徳が宿る尊いものであるため、粗末な扱いをしてはいけません。自宅に持ち帰ったあとの保管場所の選び方にも配慮が求められます。
家に神棚や仏壇がある場合は、そこに安置するのが理想的です。神棚がない家庭の場合でも、「直射日光が当たらず、湿気の少ない、目線より高い清潔な場所」（本棚の最上段やタンスの上など）に白い布や半紙を敷いて安置すれば問題ありません。
湿気によるカビや紙の変色を防ぐため、防虫・防湿効果に優れた専用の「桐箱（きりばこ）」に収納して保管するのも愛好家の間で定番の手法となっています。床に直接置いたり、ゴミ箱の近くなど不浄な場所に放置することだけは絶対に避けましょう。
