邸宅問題と並び、ネット上で苛烈な論争を巻き起こしたのが、悠仁さまの教育環境と進学プロセスです。皇族男子の教育といえば、学習院への進学が戦前の「皇族就学令」以来の長きにわたる慣例でした。しかし秋篠宮ご夫妻は、自主的な知的好奇心を伸ばす方針を採り、お茶の水女子大学附属幼稚園・小学校・中学校へと進ませる独自の進路を選ばれました。
疑惑の焦点となったのは、筑波大学附属高校へのご進学時に活用された「提携校進学制度」です。お茶の水女子大学と筑波大学の協定に基づき、双方の附属校の生徒が若干名進学できる枠組みでしたが、制度が新設された時期が悠仁さまの中学校入学と近接していたことから、「悠仁さまを進学校へ送るために特別に設けられたルートではないか」という憶測がネットを中心に爆発的に広がりました。
報道各社の取材や大学側の説明を総合すると、この制度は大学間の学術交流の一環として正式に締結されたものであり、悠仁さま専用に作られた制度ではありません。また、学力審査や面接などの正規の手続きを経て合格されています。しかし、一般の中学生が受ける共通学力考査の点数が公表されない入試形式であったため、「一般受験生との公平性」を疑問視する声が根強く残る結果となりました。
さらに、悠仁さまが中学生時代に応募された「北九州市子どもノンフィクション文学賞」の佳作作品において、参考文献の記載漏れが発覚したことも批判を拡大させました。宮内庁および関係者は直ちに事務的な不手際を認め、参考文献の追記と主催者への報告を完了させましたが、「皇族によるコンクール応募の妥当性」に対する疑義が投げかけられました。
一方、国立科学博物館の研究者らとの共著で学術誌に掲載された赤坂御用地のトンボ相に関する研究論文については、幼少期からの地道なフィールドワークの蓄積が国内外の専門家から高く評価されています。それにもかかわらず、一部のネット言論では「大学推薦入試の実績作りのための代筆ではないか」といった極端な陰謀論が形成されるなど、客観的な学術評価とネット上の噂との間に大きな乖離が生じています。
