ビオフェルミンの効果を最大限に引き出すためには、服用するタイミングと併用薬の管理が鍵を握ります。
胃腸炎におけるビオフェルミンの飲むタイミングは、原則として「食後」が最も推奨されます。乳酸菌やビフィズス菌は強酸性の胃酸に弱いため、胃酸が薄まっている食後に服用することで、生きたまま腸に届く菌数を劇的に増やすことが可能です。ただし、胃腸炎の発症初期で食事が一切摂れない場合は、無理に食事をする必要はありません。水や経口補水液（OS-1等）を一口飲んだ後に服用すれば、胃酸の直接的な影響を軽減できます。
また、胃腸炎の吐き気とビオフェルミンの併用についても不安視されがちですが、ドンペリドン（ナウゼリン）やメトクロプラミド（プリンペラン）といった制吐薬と整腸剤の併用は、臨床上問題なく頻繁に行われます。嘔吐が激しい急性期はまず制吐薬で胃の動きを落ち着かせ、水分を受け付けられる状態を作ってから整腸剤を導入するのが標準的な治療ステップです。
