ミニ仏壇であっても、仏教的な世界観を表す「須弥壇（しゅみだん）」の構造は伝統的な大型仏壇と変わりません。配置を決める際に絶対に外してはならない鉄則は、「中心と高低差の序列」を守ることです。
仏壇の中で最も尊い存在は、信仰の対象である「ご本尊（仏像や掛軸）」です。したがって、最上段のど真ん中には必ずご本尊を安置します。購入者が最も迷いやすい「本尊と位牌の正しい位置関係」ですが、位牌はご本尊と同じ高さに並べてはなりません。仏教の教えにおいて、故人は仏の弟子となって導かれる立場であるため、位牌はご本尊の目線よりも一段低い位置、あるいは同じ段であっても「左右の脇（向かって右側が上座）」に控える形で配置するのが正解です。
もし複数の方の位牌を安置する場合は、古い先祖の位牌を向かって右側に、新しい位牌を左側に置きます。ミニ仏壇の限られた間口では、位牌が横に並びきらない事態も頻発します。その場合は、先祖の戒名を1冊にまとめた「過去帳」や、札板が複数収まる「回出位牌（くりだしいはい）」に切り替える判断が、空間の調和を保つ知恵となります。
