騒音や糞害といった生活被害以上に、日本鳥類保護連盟や森林生態研究者が警鐘を鳴らしているのが、日本の在来生態系に対する直接的な侵略です。
都市の森林において、キツツキの仲間であるコゲラやアオゲラは、枯れ木に自ら穴を掘って巣を作ります。そして彼らが使い終わった古い巣穴を、シジュウカラ、ムクドリ、スズメ、さらにはフクロウなどの樹洞営巣鳥が再利用することで、都市の鳥類コミュニティは絶妙な共生関係を保ってきました。
ところが、体長40cmを超えるワカケホンセイインコは、強靭なクチバシでコゲラが開けた小さな巣穴の入り口を力任せに破壊・拡大し、強引に乗っ取ってしまいます。営巣中の在来種の卵や雛を放り出し、自らの繁殖場にしてしまう事例が首都圏各地で確認されています。
「大型のインコが樹洞を占有してしまうと、体が小さく力の弱い在来鳥類は営巣場所を完全に失います。都市緑地における樹洞の数は有限であり、インコの増加は在来小鳥類の繁殖成功率の低下に直結しているのです」（鳥類生態研究者）
さらに、都市近郊の果樹農園への影響も見過ごせません。神奈川県や東京都下の農園では、収穫前の柿、梨、リンゴ、ブドウなどの果実が食い荒らされる被害が報告されており、鋭利なクチバシで果汁を吸うだけでなく、完熟前の果実をちぎり落とす悪癖があるため、農家にとっては死活問題となっています。
