受診者が最も気にするのが費用と保険適用のリアルです。2022年の制度改定以降、不妊検査および治療の基本部分は保険適用となりましたが、「検査だけ受ける場合でもすべて3割負担になるのか」という点にはシビアな条件が存在します。
検査が健康保険（3割負担）の対象となるのは、「医師が診察の結果、不妊症の疑いがあると診断し、妊娠を目的とした一連の医学的管理を行う場合」に限られます。具体的には、「避妊をせずに一定期間（概ね1年、35歳以上なら半年程度）性交を行っているにもかかわらず妊娠に至らない」という背景や、月経不順などの自覚症状が存在することが要件となります。
一方で、単なる記念受験のような「結婚記念の健康チェック」として受診した場合や、後述する一部の特殊検査は全額自己負担（10割）となります。特に注意が必要なのが、女性の卵巣内に残っている卵子の数の目安を示す「AMH検査（抗ミュラー管ホルモン検査）」です。
AMH検査は、不妊治療の保険適用下では「体外受精などの生殖補助医療を計画する際」や「多嚢胞性卵巣症候群（PCOS）の確定診断」などの特定条件を満たさない限り、単独検査としては自費（相場：5,000円〜10,000円前後）となるケースが大半を占めます。AMHの数値は卵子の質を示すものではなく「残された卵子の在庫数の目安」に過ぎませんが、今後の妊活のタイムリミットを把握するうえで極めて有益な指標であるため、自費であっても検査に組み込む人が大半です。
また、2026年現在の見逃せない動向として、自治体による「不妊検査等助成事業」および「プレコンセプションケア助成金」の拡充が挙げられます。東京都をはじめとする先進自治体では、夫婦（事実婚含む）がそろって検査を受けた場合、上限数万円（例：東京都では5万円を上限）を助成する制度が定着しています。これにより、夫婦で受診しても実質的な自己負担が数千円から1万円台前半程度に収まるケースが増えており、受診のハードルは劇的に低下しています。
