長塚京三のプライベートにおける家族の絆も、演劇ファンの間では広く知られています。実の息子は、劇団「阿佐ヶ谷スパイダース」を主宰し、劇作家・演出家・俳優として現代演劇界を牽引する長塚圭史です。
表現者として互いを深くリスペクトし合う父子関係は良好で、息子・長塚圭史が手掛ける舞台作品や対談などを通じて、知的な表現者同士の刺激的な関係性が垣間見えます。
さらに、2009年に長塚圭史が女優の常盤貴子と結婚したことで、長塚京三は常盤貴子の義父となりました。実は長塚京三と常盤貴子は、1997年の大ヒットドラマ『理想の結婚』で舅と嫁に近い間柄を演じて共演した過去があり、ドラマの設定が現実の家族関係へと繋がった形として当時大きな話題を呼びました。
私生活では長年マネジメントを担当してきた女性と2009年に再婚しており、公私ともに盤石なパートナーシップに支えられながら穏やかな日々を過ごしています。