作中最強格として君臨していた山本元柳斎重國ですが、『千年血戦篇』において滅却師(クインシー)の始祖ユーハバッハとの直接対決で壮絶な戦死を遂げます。この敗北には、敵の周到な策略と総隊長自身の精神的変化が複雑に絡み合っていました。
滅却師集団「見えざる帝国(ヴァンデンライヒ)」による尸魂界急襲時、元柳斎は副隊長・雀部長次郎の仇を討つべく激昂し前線へ出撃します。ユーハバッハと対峙した元柳斎は卍解「残火の太刀」を惜しみなく解放し、圧倒的な力で粉砕したかに見えました。しかし、激闘を繰り広げていた相手は星十字騎士団のロイド・ロイドが能力で姿と記憶を模倣した影武者に過ぎませんでした。
影武者との死闘で卍解の全力を使い切った直後、本物のユーハバッハが突如として現れます。疲弊した元柳斎はメダリオンによって残火の太刀を奪取され、無防備な状態へと追い込まれました。ユーハバッハから放たれた強烈な一撃によって上半身と下半身を両断され、最期まで刀を握りしめながら息絶えるという衝撃的な結末を迎えたのです。