展示鑑賞後に必ず立ち寄りたいのが、2階の一角に設けられたミュージアムショップです。ここで展開される目黒寄生虫館のオリジナルグッズは、洗練されたデザイン性とアカデミズムが見事に融合しており、一般的な観光地のお土産とは一線を画しています。
特に爆発的な人気を誇るのが、8.8mサナダムシのグラフィックや学名をあしらったオリジナルTシャツです。ストリートカルチャーやモードファッションにも通じるグラフィックデザインは、ファッション関係者やサブカルチャー層からも熱烈な支持を集めています。
また、本物の寄生虫標本を樹脂で美しく封入したキーホルダーやアクリルストラップ、顕微鏡写真を用いたクリアファイルや定規など、知性とユーモアを兼ね備えたアイテムが多数ラインナップされています。これらのグッズ購入代金は貴重な研究活動や展示維持のための直接的な財源となるため、来館の記念として購入する人が後を絶ちません。