参拝時に最も混乱を招きやすいのが神社とお寺の参拝作法の違いです。ここを間違えると、周囲の参拝者を驚かせてしまうことにもなりかねません。
神社参拝の基本は「二礼二拍手一礼（二拝二拍手一拝）」です。神前に進み出たら、まず深く2回お辞儀をし、胸の高さで両手を合わせます。このとき、右手を少しだけ手前に引いて（ずらして）2回パンパンと音を響かせて拍手を打ちます。手をずらすのは、神様を敬い一歩退く謙虚な姿勢の表れです。その後、手をきちんと揃えて感謝や祈りを捧げ、最後に深く1回お辞儀をします。
一方、お寺での参拝は「合掌一礼」であり、絶対に拍手を打ってはいけません。静かに胸の前で両手のひらと指先をぴったりと合わせ、目を閉じて頭を下げて祈ります。仏教において合掌は、右手（仏様）と左手（自分自身）を一つに重ね合わせることで、仏と人が一体となり深い敬意を示す行為を意味します。音を立てて柏手を打つのは、仏様に対する重大な作法違反にあたります。
なお、参拝前の手水舎（てみずや・ちょうずや）で柄杓を使って「左手→右手→口をすすぐ→左手→柄杓の柄を洗う」という身を清める手順については、神社・お寺ともに共通しています。
