防衛医科大学校の最大の魅力として語られるのが、手厚い経済的保障です。一般的な私立医学部では6年間で2,000万〜4,500万円超、国公立医学部でも約350万円の学費が必要となりますが、防衛医科大学校では入学金および授業料が一切徴収されません。教科書代や白衣、制服、寝具、食事に至るまで国費から現物支給されるため、学生本人が学業生活を送るうえでの自己負担は事実上ほぼゼロに抑えられます。
さらに特筆すべきは、学生自身に毎月支給される「給与手当」の存在です。学生は入学と同時に防衛省職員（特別職国家公務員）である「自衛隊員（学生）」に身分が切り替わります。防衛省の給与法規定に基づき、医学科学生および看護学科自衛官候補学生には月額12万円超の学生手当が支給されるほか、6月と12月には期末手当（ボーナス）が支給されます。
これらを合算すると、在学中でありながら年間約180万〜200万円前後の可処分所得が発生する計算です。住居費（学生舎）や食費が無料である点を考慮すれば、実質的には一般的な社会人の初任給に匹敵する生活保障が学生時代から与えられていると言えます。ただし、この身分は「国民の税金によって養われている公務員」であることを意味しており、学費無料と給与支給は単なる奨学金ではなく、国を挙げた防衛・医療人材育成への先行投資という重い責任を伴っています。
