清峰高校の名を日本中に轟かせたのは、間違いなく2009年春の第81回選抜高等学校野球大会での全国優勝です。当時指揮を執っていた吉田洸二監督（現・山梨学院高校監督）の徹底したデータ分析と選手育成、そして後に広島東洋カープで活躍した今村猛投手の圧倒的な奪三振力により、決勝で菊池雄星投手を擁する花巻東高校を1-0で破り、長崎県勢として初となる紫紺の大優勝旗を手にしました。
2006年春の準優勝に続くこの偉業は、「公立校が私立の強豪を倒す痛快なサクセスストーリー」として高校野球史に刻まれています。当時のエース今村猛氏をはじめ、古川秀一投手（元オリックス・バファローズ）など複数のプロ野球選手を輩出した実績は色褪せることがありません。
監督交代や部員数の増減を経て、現在の清峰高校野球部は「泥臭く、ひたむきに勝機を見出す」という伝統を受け継ぎながら、県大会上位進出と甲子園再出場を目指して日々鍛錬を重ねています。私立強豪校の台頭著しい現代の高校野球界において、公立の誇りを胸に戦う姿勢は、今なお地元ファンやオールドファンの熱い視線を集め続けています。
