水素水の流通が拡大するにつれ、行政や専門学会によるルール形成も進んできた。かつて悪質な過大広告が横行した際、消費者庁や厚生労働省は薬機法や景品表示法の観点から是正指導を行い、医療効果を直接標榜する未承認の飲料に対して厳しい姿勢をとってきた。
一方で、科学的妥当性を担保するための機関として日本機能水学会などの専門団体が役割を果たしている。同学会では、溶存水素濃度の正確な測定方法や安全性、水質基準についての指針を策定。厚生労働省が定める飲用適基準を満たしつつ、学術的なエビデンスに基づく製品選定の基準作りを推進している。
