物理的な配置が完了した後に重要となるのが、神棚内部における神棚のお札の並べ方と順番です。お宮の形式（三社造りか一社造りか）によって順位のつけ方が異なります。
最も普及している「三社造り」（扉が横に3つ並んだタイプ）の場合の並べ方は以下の通りです。
- 中央（最上位）：伊勢神宮の神宮大麻（天照皇大神宮）
- 向かって右（第2位）：居住地域を守護する氏神神社のお札
- 向かって左（第3位）：個人的に崇敬している崇敬神社のお札（出雲大社、伏見稲荷大社、旅先で受けたお札など）
省スペースな「一社造り」（扉が1つのタイプ）の場合は、手前から奥に向かって重ねて納めます。一番手前が「神宮大麻」、2番目が「氏神神社」、3番目が「崇敬神社」の順となります。
また、神棚を設置する日柄と大安の関係についても、多くの人が気にするポイントです。六曜においては「大安」が終日吉日とされ最も選ばれますが、午後が吉となる「先勝」の午前中や、「友引」の日の設置も縁起が良いとされます。「仏滅」や「赤口」を避けるのが通例です。
設置時期としては、新築・引越し・起業のタイミングのほか、年末年始の節目が代表的です。年末に設置・交換する場合は、12月28日（「八」で末広がり）が最良とされ、29日（「二重苦」に通じる）や31日（「一夜飾り」となり誠意に欠ける）は避けるのが古くからの慣習です。
