小学校卒業後の進路として、大多数の児童はあきる野市立秋多中学校への進学を選択します。東秋留小学校と秋多中学校は距離的にも近く、学区内の結びつきが非常に強いのが特徴です。
小中学校間の連携教育も推進されており、中学校教員による小学校への出前授業や部活動体験、合同の児童生徒会活動などが行われています。そのため、いわゆる「中1ギャップ」を感じることなく、自然な流れで中学校生活へ移行できる環境が整っています。
一方で、近年の教育熱の高まりを受け、都立中高一貫校である立川国際中等教育学校や南多摩中等教育学校、あるいは八王子・立川方面の私立中学校を受験する家庭も一定数存在します。多様な進路選択を尊重しつつ、公立ルートでの安定した進学基盤が築かれています。
