『NARUTO』終了後も根強く囁かれていた「自来也生存説」ですが、続編『BORUTO-ボルト- -NARUTO NEXT GENERATIONS-』において、その真相が白日の下に晒されました。謎の組織「殻（カラ）」の内陣（インナー）として暗躍していた仮面の男・果心居士（かしんこじ）の正体は、アマドによって造られた「自来也のクローン」です。
果心居士は螺旋丸や蝦蟇の口寄せ、さらには自来也特有の火遁・土遁を操り、仙人モードまで使いこなします。この事実に「自来也本人が蘇ったのか？」と一時ネット上が騒然となりましたが、魂そのものが蘇生したわけではなく、アマドが回収した自来也の遺伝子データをベースに精巧に再現された人造人間であることが公式に明かされています。
アマドが数ある強者の中から自来也の遺伝子を選んだ理由は、「自来也という男の数奇な運命と、強靭な忍の精神性」に賭けたためでした。大筒木イッシキ打倒のためにプログラムされた果心居士ですが、その戦いぶりや冷徹さの中に宿る忍の矜持には、確かに自来也の遺伝子を感じさせる気高さが宿っています。
