函館市内中心部からターミナルへのアクセス手段は、路線バス、シャトルバス、タクシー、自家用車と多岐にわたります。
公共交通機関を利用する場合、函館フェリーターミナルへのアクセスバスは函館バスおよび帝産バスが運行しています。函館駅前バスターミナルから直行便または経由便で約20〜30分、運賃は大人片道320〜360円程度です。ただし、深夜便や早朝便（午前3〜5時台発着）には路線バスが接続していないため注意が必要です。
深夜早朝や急ぎの移動における函館駅から津軽海峡フェリーターミナルまでのタクシー料金は、概ね2,500円〜3,000円前後（所要時間約15分〜20分）が標準相場です。深夜割増時間帯（22時〜翌5時）は3,000円〜3,500円程度を見込んでおくのが安全です。
マイカー利用者にとって気になる津軽海峡フェリー函館ターミナルの駐車場料金は以下の体系になっています：
- 入庫後2時間まで：無料（送迎や売店利用に便利）
- 2時間超〜24時間まで：定額1,000円
- 24時間以降：24時間ごとに1,000円加算
ターミナル目の前の第1・第2駐車場を合わせ、普通車約100台以上を収容可能です。車を函館に置いて本州へ一時往復する「パーク＆フェリー」利用時でも、上限設定があるため安心して数日間駐車できます。
