根切り工事が始まってから施主と施工会社の間で最も頻発するトラブルが「地中障害物」と「湧水（ゆうすい）」に伴う追加費用の発生です。
地中の状態は、着工前のサウンディング調査だけでは100%把握しきれません。実際にバックホウで根切りを開始した途端、過去の建物のコンクリートガラ、古い浄化槽、松杭、あるいは大きな転石（岩塊）が掘り起こされるケースが少なくありません。現場の解体・土木業者の証言によると、「更地として購入した土地でも、深さ1mを掘削した段階で過去の不法投棄ガラが出土し、産廃撤去費用として数十万円の追加見積もりが発生する事例は珍しくない」といいます。
また、粘土質地盤で地下水位が高いエリアでは、掘削底から水が噴き出すことで泥濘化し、釜場（集水ピット）の設置と水中ポンプによる常時排水作業が必要になります。これらの予期せぬ自然条件への対応費用がどのように契約条項に含まれているか、着工前の確認が欠かせません。
