長良川鉄道には、途中下車そのものが目的となる魅力的な沿線観光スポットが点在しています。その代表格が、ホームと温泉施設が直結している全国的にも珍しいみなみ子宝温泉駅です。
降車して改札を出れば、数十秒で天然温泉の湯船に浸かることができます。泉質は肌に優しい単純温泉で、露天風呂からは奥美濃の山並みを一望できます。長良川鉄道の乗車券を提示することで入浴料の割引サービスを受けられるのも旅行者には嬉しいポイントです。また、食品サンプル発祥の地として知られる郡上八幡駅周辺では町歩きやサンプル製作体験が楽しめるほか、終点の北濃駅には国の登録有形文化財に指定されている明治期の手動式「転車台」が現存しており、歴史の息吹を間近に感じられます。