枝の切り戻しとワンセットで行わなければならない工程が、「根切り」と「追肥」です。地上部を小さくしただけでは、土の中のバランスが崩れて根腐れを起こすか、養分不足で力強い新芽を形成できません。ナス根切り・追肥の理由は、老化した地下部を物理的に刺激し、新しい生命活動のスイッチを入れることにあります。
夏の間、ナスは肥料と水を猛烈に消費しながら四方八方に根を広げています。しかし、酷暑期の地温上昇によって浅い部分の根は茶色く老化し、養分を吸収する力（活性）が著しく減退しています。そこで、株元から25〜30cmほど離れた位置にスコップを垂直にザクザクと深さ15〜20cmほど差し込み、円周状に古い根を切断します。
植物には「根の先端を切断されると、その切断面から無数の細い白根（新根）を一斉に分岐・発根させる」という自己再生メカニズムが備わっています。この新しい白根こそが、肥料分を貪欲に吸い上げるエンジンとなります。
根切りを行った溝には、発酵油かすや化成肥料（NPK＝8-8-8など）をひと握り（約30〜50g）投入し、土とよく混ぜ合わせて埋め戻します。さらに株全体へたっぷりと潅水を行うことで、新根の発生と肥料の初期溶解を同時に促します。この「地上部の縮小」「地下部のリフレッシュ」「高濃度栄養の補給」という三位一体の刺激によって、株は初夏以上の生命力を取り戻します。
