物語最大の謎である「黒ずくめの組織」は、世界的な大富豪である烏丸蓮耶（からすまれんや）をトップ（あの方）に据える巨大犯罪組織です。半世紀前に99歳で謎の死を遂げたと伝えられていましたが、コナンと工藤優作の推理により、組織のボスとして現在も生存・暗躍している事実が特定されました。
組織の幹部には酒に由来するコードネームが与えられており、その序列と役割は以下の通り厳格に分かれています。
【黒ずくめの組織 主なメンバーとコードネーム一覧】
・ボス（あの方）：烏丸蓮耶 —— 半世紀前に死亡したとされる伝説の大富豪。
・No.2：ラム（RUM） —— 脇田兼則としていろは寿司に潜入。左目が義眼。
・実行部隊リーダー：ジン —— 冷酷無比な幹部。工藤新一にAPTX4869を飲ませた張本人。
・ジンの側近：ウォッカ —— ジンの補佐を務める巨漢の男。
・情報収集・変装：ベルモット（シャロン・ヴィンヤード） —— ボスのお気に入り。不老の秘密を握る。
・スナイパー：キャンティ / コルン —— 遠距離狙撃を担当する過激な暗殺要員。
・NOC（潜入捜査官）：バーボン（安室透 / 降谷零） —— 公安警察からの潜入者。
・NOC（潜入捜査官）：キール（水無怜奈 / 本堂瑛海） —— CIAからの潜入者。
組織内には複数のスパイ（NOC）が入り込んでおり、互いの正体を隠しながら繰り広げられる情報戦が、物語のクライマックスに向けた最大の焦点となっています。
