メインクーンの平均寿命は12〜15歳前後とされており、一般的な家猫の平均寿命（15歳前後）と比べるとほぼ同等か、大型種ゆえにやや短命な傾向が見られます。健やかで長い猫生を共にするためには、品種特有の遺伝疾患への深い理解が欠かせません。
最も警戒すべき疾患が肥大型心筋症（HCM）です。これは心臓の筋肉（心筋）が求心性に肥大し、心室の内腔が狭くなることで全身への血液供給に障害をきたす疾患です。無症状のまま進行し、ある日突然の肺水腫や後肢の動脈血栓塞栓症、最悪の場合は突然死を引き起こす恐ろしい病気として知られています。
現在では特定の遺伝子変異（MYBPC3遺伝子の変異など）が関与していることが解明されており、DNA検査によってリスク判定が可能です。このほかにも、筋肉が徐々に衰えていく脊髄性筋萎縮症（SMA）や、その巨体を支える骨格ゆえに発症しやすい股関節形成不全、加齢に伴う腎臓への負担などへの警戒が必要です。定期的な心エコー検査やレントゲン検査を含む動物病院での健康診断を若齢期からルーティン化することが、早期発見・早期治療の絶対条件となります。
