野外での倒木割り出しや園芸用土、飼育ケース内から現れた幼虫を前にした際、最初に行うべきはカブトムシとクワガタの幼虫の違いを識別することです。両者は同じコガネムシ上科に属する甲虫ですが、体の構造には明確な進化の痕跡が刻まれています。
最も確実な識別点はお尻の切れ目（縦割れ・横割れ）です。幼虫のお尻（腹部末端の肛門裂）を観察したとき、カブトムシの幼虫は人間の一文字の口のように水平に走る「横割れ」になっています。対してクワガタの幼虫は、縦方向にスリットが入る「縦割れ（I字状）」をしています。どれほど姿形が似ていても、この肛門の構造が逆転することはありません。
さらに頭部の色と形状にも明確な差が存在します。カブトムシの頭部は全体がごつごつとした質感で、焦げ茶色から黒褐色に近い濃い暗色を呈しています。一方、クワガタの幼虫はツヤのある鮮やかなオレンジ色から飴色をしており、木を噛み砕くための鋭利で立体的な大顎が前方に突き出しています。また、体表の毛の生え方にも違いがあり、カブトムシは全体に短く硬い毛がびっしりと生えているのに対し、クワガタは比較的毛がまばらで、透き通るような白から乳白色の質感が際立ちます。
加えて、幼虫のフンの形状と見分け方も重要な手掛かりです。カブトムシのフンは角が丸みを帯びた大型の俵型・ブロック状（六角柱に近い形状）で排出されるのに対し、クワガタのフンはやや小ぶりで、水分量が多く不定形な楕円形や細長いペレット状になります。ケース底面のフンを確認するだけでも、その主を絞り込むことが可能です。
