新快速Aシートを利用する上で、初見の乗客が陥りやすいトラブルや制度上の落とし穴がいくつか存在します。後悔しないために押さえておくべきポイントを整理しました。
第1の盲点は、新快速Aシート停車駅一覧の確認です。新快速は非常に停車駅が絞り込まれた俊足列車ですが、Aシートだからといって特別に通過する駅や追加で止まる駅があるわけではありません。通常の一般新快速と全く同じ駅に停車します。具体的には、京都・高槻・新大阪・大阪・尼崎・芦屋・三ノ宮・神戸・明石・西明石・加古川・姫路といった主要駅です。西宮や住吉、垂水など快速停車駅には停まりませんので、乗り換え経路の事前確認が不可欠です。
第2の盲点は、「飛び乗り車内精算」が完全に廃止されている点です。かつて実証実験期間中には、車内で車掌に500円を現金で支払って座る乗車整理券システムが存在しました。しかし、現在は全車全席指定席化されており、指定席券を持たずに9号車の座席へ座ることは一切認められていません。空席があっても車内で指定席券は購入できず、車掌から一般車（1〜8号車、10〜12号車）へ移動するよう案内されます。必ず乗車前にスマホ上で決済を完了させておかなければなりません。
第3の盲点は、ダイヤ乱れ発生時の払い戻し基準です。新快速は長距離を走るため、琵琶湖線やJR神戸線での踏切安全確認や強風などで遅延が発生することがあります。指定席特急券であれば2時間以上の遅延で特急料金が全額払い戻しとなりますが、普通列車の指定席券（Aシート）の場合、列車が目的地まで運行された場合は遅延しても指定席料金の払い戻し対象外となるのが原則です（運行途中で指定席の取り扱いが打ち切られた場合などを除く）。この点は特急列車との法的な扱いが異なるため、留意しておく必要があります。
