日本国内においても、独自の超古代文明が存在したとする言説が根強く存在します。その代表例がカタカムナ文明の謎と与那国島海底地形です。
「カタカムナ文字」は、1949年に電気技術者の楢崎皐月が六甲山系で平十字なる人物から見せられた巻物に記されていたとされる渦巻き状の図象文字です。数万年前の日本に存在した直観科学文明の遺物と主張されていますが、学術的な古文書学および日本語史の観点からは、文字の構造が近代の仮名遣い体系に酷似しており、歴史的仮名遣いの変遷と整合しないため、近代以降の創作物と結論づけられています。
一方、沖縄県八重山諸島に位置する与那国島の海底構造物については、琉球大学名誉教授の木村政昭氏らが「人為的な加工が施された海底遺跡」と主張する一方、地質学界の主流派は「自然の波浪浸食と節理（岩石の割れ目）によって形成された天然地形」と判断しています。砂岩の層状構造が直線的に崩落する現象は陸上でも普遍的に観察されるものであり、人工的な加工痕（クサビ跡など）とされるものも生物浸食や自然破壊の範疇を出ていません。
オカルト的な文脈を離れたとき、日本の超古代文明と縄文時代の真の姿は世界的な驚嘆を集めています。青森県の三内丸山遺跡に代表される1万年以上続いた定住生活、精緻な漆工芸、高度な植物栽培技術（クリのDNA選別）、黒曜石やヒスイを用いた広域海上交易ネットワークなど、縄文人は戦争の痕跡をほとんど残さず、自然と共生する高度な精神文化を築き上げていました。未知のテクノロジーを捏造せずとも、縄文文化そのものが世界史上で類を見ない特筆すべき成熟度を誇っていたのです。
