グラフィック以上の打撃を与えたのが、発売直後のVer.1.1.1以前に存在した無数の不具合である。特にプレイヤーを恐怖に陥れたのが、ジム内部や壁の隙間に挟まって二度と脱出できなくなる進行不能バグの存在だった。
大切なセーブデータが実質的に破壊されるリスクは、ロールプレイングゲームとして致命的と言わざるを得ない。さらに、アイテムやポケモンを無限に増殖できてしまう裏技のようなバグが次々と発見され、YouTubeやTwitter（現X）で拡散。対戦環境やゲーム内の経済バランスを崩壊させる要因となり、「デバッグ不足のまま出荷されたのではないか」という不信感を決定づけた。
