県外からの移住者や旅行者が最も混乱するのが、「那覇バス」と「琉球バス交通」の区別です。街中で見かける車両のデザインが似通っており、同じ案内所で回数券やICカードが扱われているため、同一の会社と誤解されることも少なくありません。しかし歴史を遡ると、両社は熾烈な乗客獲得競争を繰り広げたライバル関係にありました。旧那覇交通（銀色の車体から「銀バス」の愛称で親しまれた）と旧琉球バスは、いずれも過剰な設備投資とマイカー社会の到来によって2000年代初頭に相次いで経営破綻に追い込まれた過去を持ちます。
この両社を救済・再生する受け皿となったのが、福岡県北九州市に本拠を置くタクシー業界最大手の第一交通産業グループでした。同グループは2004年に旧那覇交通の営業権を譲り受けて「那覇バス株式会社」を設立し、続いて2006年には旧琉球バスの事業を引き受けて「株式会社琉球バス交通」を立ち上げました。つまり現在では、琉球バス交通との違いは「同一グループに属する兄弟会社」であり、路線の棲み分けと共通インフラの共有によって成り立っています。
大まかな役割分担として、那覇バスは旧那覇市内の短距離生活路線および首里方面へのアクセス、定期観光バスに強みを持ちます。対する琉球バス交通は、名護や具志川、読谷といった沖縄本島中北部を結ぶ長距離郊外路線を主力としています。車両の整備工場や運行指令システム、さらにはバス運転手の共同研修など、バックオフィス機能を第一交通産業グループ傘下で一体化させることにより、倒産前には不可能だった大規模なコスト削減と経営安定化が図られています。
