東京メトロ丸ノ内線からJR中央・総武線への乗り換えは、全ルートで一度地上へ出る必要があります。地下連絡通路は整備されていないため、雨天時でも完全な「雨に濡れないルート」は確保されていません。折りたたみ傘などの雨具をあらかじめ準備しておくのが得策です。
最短で乗り換えるための鉄則は、目的地とするJRの改札口（お茶の水橋口または聖橋口）に合わせた出口選びです。
1. お茶の水橋口へ向かう場合
丸ノ内線1番出口（御茶ノ水橋方面）を出てすぐの御茶ノ水橋を渡ります。徒歩約2〜3分でJR御茶ノ水駅のお茶の水橋口改札へ到達可能です。橋の改修が進んだことで歩道幅が広がり、以前よりも通行のストレスは大幅に軽減されています。
2. 聖橋方面へ向かう場合
東京医科歯科大学と東工大が統合して誕生した「東京科学大学」側へ抜けるルートです。丸ノ内線の2番出口を出て外堀通り沿いを東へ進み、聖橋を渡るとJR聖橋口へ徒歩約4〜5分でアクセスできます。千代田線新御茶ノ水駅へ乗り継ぐ場合も、この聖橋方面ルートが基本となります。
