原作漫画は、第壱部『神さまの言うとおり』（別冊少年マガジン）全5巻と、その裏側で進んでいた別グループの生存劇を描く第弐部『神さまの言うとおり 弐』（週刊少年マガジン）全21巻の二部構成で完結を迎えました。
多くの読者が最も衝撃を受けたのは、デスゲームを仕掛けた黒幕である「神の正体」と、物語の終幕における結末の残酷さです。一連のデスゲームを司っていた最初の神「神小路かみまろ（かみこおじ かみまろ）」は、全知全能の絶対神ではなく、単なる引きこもりの青年でした。彼は宇宙的な超常存在である高次元の意識体「カミーズ」から力を与えられただけの「器」に過ぎなかったことが判明します。
かみまろが倒された後、生き残った参加者たちによる「神決定戦」が勃発。最終選考となる「ババ抜き」などの極限心理戦を経て、第壱部の主人公である高畑瞬、ライバルの天谷武、そして第弐部の主人公・明石靖人らが次々と命を落としていきます。
最終的に神の座に就いたのは、明石への狂気的かつ純粋な執着を見せ続けた丑三清四郎（うしみつ せいしろう）でした。しかし、神となった丑三が手にしたのは全能の力ではなく、「愛する明石が二度と戻らない」という絶対的な孤独でした。ラストシーンで丑三は、明石をもう一度蘇らせるために世界を再構築・ループさせる選択を示唆し、読者に深い余韻とトラウマを残して物語の幕を閉じました。
